Z racji, że drzewka bonsai hoduje się w małych i płaskich donicach konieczne staje się częste podlewanie. Nie ma gotowego przepisu na właściwe nawadnianie, ponieważ każdy gatunek ma inne wymagania. Przyjęło się jednak kilka zasad i sposobów podlewania których warto przestrzegać:
1. Najlepszą porą na podlewanie jest wieczór
2. Podlewamy poprzez zanurzenie w pojemniku z wodą
3. Do podlewania używamy przegotowanej i odstanej wody lub deszczówki
4. Nie podlewamy w południe gdy jest wysoka temperatura!
5. Każde drzewko powinno być podlewane codzienne wieczorem, chyba że jest to zima to wtedy zmniejszamy intensywność podlewanie (nawadniamy co 2-3 dni)