Sztuka bonsai wywodzi się z Chin, do których najprawdopodobniej przywędrowała z Indii. Obecnie miniaturowe drzewka utożsamia się z Japonią i całkowicie nie bezpodstawnie. To właśnie w Japonii sztuka ta przeżyła rozkwit, a wszystkie obecnie znane style zawdzięczamy ówczesnych japońskim ogrodnikom.
Kultura chińska znacznie oddziaływała w VIII wieku n.e. na kraj Kwitnącej Wiśni. Japończycy włączyli sztukę miniaturyzacji drzewek w kanon kulturowych i ogrodniczych tradycji kraju, która towarzyszy mi do dnia dzisiejszego. W trakcie tak wielu lat sztuka ta przeszła wiele zmian i przeobrażeń. Początkowo sztandarowym gatunkiem używanym do hodowli bonsai była sosna dopiero w późniejszym czasie zaczęto uprawiać wiśnie, azalie, kamelie i klony. W porównaniu do tradycji japońskiej, na zachodzie bonsai znane jest od niedawna. W Europie znaczne zainteresowanie pojawiło się dopiero po wystawie, która odbyła się w Londynie w 1909 roku. Podobnie w Ameryce i Australii zalążki „ery bonsai” datuje się na początek XX wieku.
W ostatnich dekadach drzewka w doniczkach stają się coraz bardziej popularne w wielu krajach na całym świecie. Stale rośnie liczba entuzjastów miniaturowych drzewek. Można wiec rzec, że sztuka bonsai przeżywa ponowny rozkwit i tak jak dawniej, nadal skierowana jak tylko do wybranych osób.